Промышленная ортофосфорная кислота — важнейший полупродукт для производства фосфорных и комплексных удобрений и технических фосфатов, широко используется также для фосфатирования металлов, в качестве катализатора в органическом синтезе.

Пищевая фосфорная кислота применяется для приготовления безалкогольных напитков, лекарств,  и т.д. Ортофосфорная кислота зарегистрирована в качестве пищевой добавки E338. Применяется как регулятор кислотности в газированных напитках, например в Кока-Коле.

Ортофосфорная кислота используется при пайке в качестве флюса (по окисленной меди, по чёрному металлу, по нержавеющей стали), для исследований в области молекулярной биологии. Применяется также для очищения от ржавчины металлических поверхностей. Образует на обработанной поверхности защитную плёнку, предотвращая дальнейшую коррозию. Также применяется в составе фреонов, в промышленных морозильных установках как связующее вещество.

Ортофосфорная кислота  используется в авиационной промышленности — в составе гидрожидкостей.

Ортофосфорная кислота используется в сельском хозяйстве — например, в звероводстве (в частности, при выращивании норок) используют выпойку раствора ортофосфорной кислоты для профилактики повышенного рН желудка и мочекаменной болезни.

Ортофосфорная кислота очень широко применяется в стоматологии — для протравливания  эмали и дентина перед пломбированием зубов, при изготовлении зубных цементов.